rna紫外交联强度是多少?
RNA紫外交联强度通常为120mJ/cm2.
紫外线进行光交联反应
光化学反应是指物质在可见光或紫外线照射下,物质分子吸收光子后所引发的化学反应。而基于光化学反应的光交联则是其重要应用之一。光交联反应是指将合成的光敏小分子化合物作为工具探针,在特定波长的光照射下,产生高活性的中间体,与其受体活性部位形成特异性的不可逆共价键结合的化学反应。
在分子生物学中,常使用紫外线进行光交联反应,用于邻近分子的交联。紫外线为波长在10nm至400nm之间的电磁波。紫外交联主要介导蛋白质与RNA的分子共价连接,常用紫外线波长有254nm和365nm两种。其中254nm UV照射下,RNA 中的核苷酸和蛋白质中的氨基酸会产生光化学反应,转变为活性状态,进而形成分子间共价交联,不过254nm UV介导的分子交联效率偏低(HIST-CLIP使用254nm UV进行交联);而365nm UV则可以介导光敏分子,例如4SU与蛋白质的高效交联(PAR-CLIP使用365nm+4SU进行交联)。
紫外交联免疫沉淀
紫外交联免疫沉淀(crosslinking-immunprecipitation, clip) 结合高通量测序,即CLIP-Seq又称为HITS-CLIP。
CLIP- Seq,全称为cross linking-immun precipitation and high throughput sequencing,意思是紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的技术,其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的RNA片段,经添加接头、RT-PCR等步骤,再对这些分子进行高通量测序和生物信息学的分析,进而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。